เรื่องราวเกิดขึ้นเกิดขึ้นในอนาคตเล่าถึงศัลยแพทย์ไซบอร์กนามว่า อิโต ได้ไปเจอกับเศษซากหุ่นไซบอร์กจากกองขยะ เขาได้พากลับมาซ่อมแซมจนกลับมาเป็นเหมือนเดิม และตั้งชื่อให้ว่า อลิตา แต่เธอจำเรื่องราวเกี่ยวกับตัวเองก่อนหน้านี้ไม่ได้ ยกเว้น พันเซอร์ คุณซ์ ทักษะการต่อสู้รูปแบบเฉพาะของดาวอังคารที่หายสาบสูญไปกว่า 300 ปีที่ติดตัวเธอมา และนั่นได้นำพาเธอไปสู่การต่อสู้ที่ไม่สามารถหลีกเลี่ยง